En 1833 se designa a Pedro Morán a cargo de la cátedra de Anatomía, Fisiología e Higiene. Morán nace en Talca, fue un hombre esforzado y estudioso. Cirujano militar en la guerra de la Independencia, es tomado prisionero en Cancha Rayada y liberado por el tratado de Lircay. Nuevamente tomado prisionero en la batalla de Rancagua, lucha heroicamente, pierde su instrumental y libros. Condenado a muerte, logra escapar. En 1818 toma a su cargo el Hospital de campaña de los Andes luego del paso del Ejército Libertador. Las disecciones siguen efectuándose en el primer patio del Hospital San Juan de Dios en la calle San Francisco, en el Anfiteatro o departamento de disección de los cadáveres, inaugurado en Septiembre de 1833, gracias a Diego Antonio Barros, administrador del establecimiento y colaboración del Dr. Morán; el plano y su construcción corrieron a cargo de don Federico Reclus, alcanzando su costo a 998 pesos y 2 reales, dinero reunido gracias a los alumnos y los profesores. Se componía de dos piezas de adobe, con una puerta y una ventana cada uno, anexas al Hospital San Juan de Dios; el primer cuso constaba de 22 alumnos. Muchos murieron como consecuencias de los trabajos prácticos , por trabajar sobre cadáveres cuyas causas de deceso eran desconocidas , o bien, por infecciones adquiridas como producto de su descomposición .

“ Los trabajos prácticos constituían el horror de los estudiantes, se efectuaban a pleno sol en verano o en la humedad y en el barro en Invierno, sin más instrumentos que una navaja catalana, un martillo y un serrucho sobre los cadáveres ya putrefactos, expuestos a la interpérie por varios días, y que por escasos había que utilizarlos por completo, sin asepsia ni antisepsia, hasta entonces desconocidas, todo contribuyó a hacer insoportable los trabajos anatómicos y quirúrgicos convirtiendo en sacrificados a los pobres estudiantes.”

Dr. Miguel Semir, año 1860,

En aquellas dependencias se efectuaron las disecciones hasta el año 1857, año en que se trasladan a la calle San Francisco a los pies del Hospital San Juan de Dios en un local construido para ello. A Morán le sucede Julio Francisco Lafargue, de origen francés, brillante en sus exposiciones, hábil disector, de vastos conocimientos , de una notable cultura literaria. Presenta un nuevo plan de estudios, reglamenta la enseñanza de la Anatomía, revelando los últimos avances. Es el iniciador de los trabajos anatómicos en Chile.

A su muerte le sucede Vicente Pretôt durante un año y medio, y a él, el licenciado Vicente Padín, Fue decano de la Facultad de Medicina en 1863 por 3 años. La Anatomía descriptiva se dicta en primer año, en segundo las disecciones y en tercer año la anatomía de regiones ó Topográfica. La cátedra ahora es exclusivamente anatómica, y no depende de cirugía como antes, siendo ejercida por un Profesor.

Le sucede José Joaquín Aguirre , acompañándole ahora un disector; da un mayor énfasis al trabajo práctico y disecciones, haciendo trabajar ahora a los alumnos en las disecciones : “ Vamos a estudiar la Anatomía, decía J.J. Aguirre, el cadáver será nuestro maestro; los libros nuestro guía, y yo los ayudaré en el estudio”. Publica en forma anónima El Manual de Anatomía General e Histología General , el primero impreso en América del Sur. Diputado por los Andes y por Santiago, es elegido Decano en 1867, por dos periodos, llegando a la Rectoría de la Universidad el año 1889.

En esa época, atrás de la escuela ubicada en la calle San Francisco había un gran patio con un galpón que servía de pesebrera a las mulas y de refugio al “carretón de los muertos”, medio de transporte de cadáveres desde los hospitales hasta la Escuela. “Ese carretón atravesaba la ciudad con un ruido sordo, peculiar, inconfundible. Desde muchas cuadras de distancia se sentían los golpes secos, lúgubres, desiguales de ese enorme carretón cerrado. Todo el vecindario conocía el ruido, todos sentían en la noche el ruido de esa marcha fúnebre.”

En 1865, el Gobierno adquiere en 1.000 pesos, la estatua anatómica del Dr. Ansoux , figura de cartón piedra de tamaño natural, con piezas desmontables.

Al tomar J.J. Aguirre la cátedra de Cirugía, en 1866, le sucede en Anatomía, Pablo Zorrilla, gran disector; se inicia una cátedra paralela de anatomía descriptiva a cargo de Valentín Saldías , brillante médico, muy prestigioso, y humilde. En 1868, en el primer año se dicta Anatomía Descriptiva , en el segundo Anatomía Topográfica y las disecciones. Célebres son las de Julliet y Raimundo Charlín, así como las del italiano Ambrosio Coste.

Las dependencias del pabellón de Anatomía pasan desde la calle San Francisco a la nueva Escuela de Medicina en 1889. Los estudios anatómicos se realizan en un ambiente más grato. Profesores y alumnos disponen de un amplio auditorio ; las salas de disección son extensas. Alejandro del Río en enero de 1890 señala que es urgente y de estricta necesidad construir aisladamente de la Escuela pabellones especiales de disección, debido al nuevo aumento en el número de los alumnos Estarían echadas las bases del actual instituto. El viejo edificio de San Francisco fue demolido en 1944 junto con el Hospital San Juan de Dios.

Cuando Saldías pasa a Fisiología en 1872, Augusto Orrego Luco, le reemplaza, participa en la Guerra con Perú y Bolivia, siendo comandante de las fuerzas cívicas de la ciudad de Santiago. Posteriormente organiza brillantemente los servicios médicos en conjunto con los alumnos en una epidemia de viruela de 1872. Es iniciador de la neuropsiquiatría en Chile y nombrado miembro de la Academia de Ciencias de París.

Le sucede don David Benavente Serrano, nacido en Ninhue en 1863. Comisionado por el Gobierno en 1895, es alumno de Waldayer en anatomía, Duval en Histología y Hertwing en Embriología. Funde las dos cátedras de Anatomía luego que Augusto Orrego Luco la deja, nombrando la Facultad a Roberto Aguirre Luco, hijo de don Joaquín Aguirre en la otra. Aguirre Luco estudia en Europa con Dieulafoy, Fournier, Ernest von Bergmann, y Farabeuf , entre otros. En la revolución de 1891 se enrola en el ejercito constitucional. Viaja a Argentina en 1900 junto con Alejandro del Río y Mamerto Cádiz a estudiar un brote de peste bubónica. Por la cantidad de alumnos se crea una tercera cátedra a cargo de Luis Vargas Salcedo.

En 1918 se incendia la Escuela de Farmacia en la calle Zañartu , decidiéndose la creación del Instituto de Anatomía. Gracias a las gestiones del Decano Amunategui y el profesor Vargas Salcedo, se obtienen los recursos por parte de la Dirección de Obras Públicas, cantidad que alcanza a los $ 186,000 y el 16 de junio de 1920 queda aprobado su reglamento. Con ese dinero se concluye la edificación. Se denomina ahora Instituto de Anatomía, quedando sometido a la Facultad de Medicina y a la Escuela de Medicina, siendo dirigido por un Inspector del Instituto y del Museo Anatómico, médico y titulado de la Universidad de Chile, con la intención de velar por siempre por su patrimonio.

En 1920 se integra una nueva cátedra a cargo del prof. Don Basilio Muñoz Pal, Fué ayudante del Prof. Benavente desde 1907, su jefe de trabajos prácticos, su sucesor. En 1913 viaja a Berlín, designándose como ayudante de la cátedra de Bier mientras los cirujanos propietarios estaban en el campo de batalla. Era la Primera Guerra Mundial.

En Abril de 1924, en Concepción, se crea el primer año de Medicina. En 1925 el doctor Gustavo Jirón L. sucede a Vargas Salcedo en anatomía Descriptiva cuando éste es promovido a la cátedra de clínica quirúrgica. Efectúa múltiples estudios anatómicos basados en nuestra propia anatomía chilena. “ La Anatomía del hombre blanco no es la anatomía de la humanidad entera” como señaló el profesor Loth, de Varsovia. Dirige el Instituto de Anatomía, crea los departamentos de diafanización, momificación, corrosión, y conservación, además de una sección de anatomía plástica, hasta hace 40 años, la única en Sudamérica. Funda la anatomía radiológica. Siempre inculcó el más severo respeto al cadáver humano, fuente primaria e imprescindible en la enseñanza de la anatomía. Da también una importancia especial al estudio de la anatomía fetal y del recién nacido. Su obra más notable fue el Museo de Teratología, uno de los más completos del mundo en su época, con más de trescientos fetos. Fue Senador por Santiago en los años 1941 a 1949. Presidente de la asociación Médica de Chile y Presidente del Colegio Médico de Chile.

En 1930 se inaugura la Escuela de Medicina de la Universidad Católica de Chile. En 1933 la cátedra de Anatomía se reduce, no sin protesta de alguno de sus profesores, a un año. Al jubilar Basilio Muñoz Pal en 1947, le sucede Adolfo Escobar Pacheco. Junto a Jirón introduce modificaciones en la enseñanza , investigando ahora la anatomía con relación a la clínica. En sus últimos años, el profesor Escobar fue elegido Maestro de la Anatomía en Chile.

A Gustavo Jirón le sucede Humberto Vargas Olmedo, quién nace en Tacna, cuando era administrativamente chilena. Continúa con sus trabajos y líneas de investigación. El Anfiteatro de Anatomía se designa con el nombre de J.J. Aguirre, y el museo de Anatomía (ex gabinete) con el nombre de Humberto Vargas Olmedo. Le sucede como director el Dr. Evaristo Cancino Aguila. Cultor del folklore chileno-argentino, representa a Chile en la quincena Sudamericana en Dallas, Texas, siendo director de la Federación de Rodeo Chileno, hombre siempre muy conciliador. Contínúa con la investigación en fetos, y anatomía antropológica, además de integrar algunos trabajos de anatomía en el arte. Fallece trágicamente en 1991.En 1981 se inauguran dos Escuelas de Medicina: la de Valparaíso y la de La frontera de Temuco. Hasta esa fecha, los programas de enseñanza eran supervisadas por la Universidad de Chile.

En el transcurso de los años, varios cambios en la docencia sufre la Anatomía. Se masifica la enseñanza con la aparición de las Universidades privadas, quedando como desafío el control en el nivel de la docencia. Frente al desarrollo de otras disciplinas, pierde terreno la enseñanza de la Anatomía; varias dependencias del Instituto pasan a depender de otras disciplinas, sumándose a ello la disminución en el número de sus profesores. El Museo no está ajeno a ello, y luego de una defensa enérgica y valiente, los alumnos de la Escuela, quizás con aquel espíritu de la vieja Escuela de Orrego Luco, protejen el lugar, colocando cadenas a sus puertas y flores al interior de sus dependencias. Así, el Museo, lugar heredero del Gabinete del Prof. Lafargue por más de 160 años, se salva de desaparecer para siempre. Hoy, con la ayuda de la comunidad universitaria se proyecta su reconstrucción.

Dr. Julio Cardenas Valenzuela, Director Museo de Anatomía ICBM, Facultad de Medicina, Universidad de Chile